Thông tư liên tịch số 64 quy định chế độ hóa đơn, chứng từ đối với hàng hóa nhập khẩu lưu thông trên thị trường bao gồm: Hàng hóa nhập khẩu đang trên đường vận chuyển; đang bày bán; để tại kho, bến, bãi, tại cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu hoặc tại địa điểm khác (gọi chung là hàng hóa nhập khẩu lưu thông trên thị trường); hướng dẫn xử lý vi phạm quy định về hóa đơn, chứng từ đối với hàng hóa nhập khẩu lưu thông trên thị trường; quyền, nghĩa vụ, trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.

Theo đó, đối với hàng hóa nhập khẩu đang trên đường vận chuyển, đang bày bán, để tại kho, bến, bãi, điểm tập kết thì cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan phải xuất trình đầy đủ hóa đơn, chứng từ chứng minh tính hợp pháp của hàng hóa theo quy định của pháp luật và Thông tư này ngay tại thời điểm kiểm tra. Ngoài ra, đối với hàng hóa nhập khẩu của cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu đang bày bán, để tại kho, bến, bãi thuộc quyền sử dụng (kho, bến, bãi có đăng ký hoạt động kinh doanh với cơ quan có thẩm quyền) hoặc sở hữu của cơ sở đó thì việc xuất trình hóa đơn, chứng từ được thực hiện như sau: Tại thời điểm kiểm tra, cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan phải xuất trình bản sao hóa đơn, chứng từ có đóng dấu của cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu để có căn cứ xác định hàng hóa nhập khẩu là hợp pháp; Trong thời hạn 24 giờ liên tục, kể từ thời điểm kiểm tra, cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu phải xuất trình đầy đủ hóa đơn, chứng từ bản chính chứng minh tính hợp pháp của hàng hóa theo quy định của pháp luật và Thông tư này. Trường hợp cuối thời hạn 24 giờ liên tục, kể từ thời điểm kiểm tra nếu trùng vào thời gian nghỉ theo quy định thì việc xuất trình hồ sơ được thực hiện vào thời gian làm việc tiếp theo thời gian nghỉ và cơ quan kiểm tra phải ghi rõ thời gian, địa điểm yêu cầu xuất trình vào biên bản; Tại thời điểm kiểm tra, nếu cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu chưa xuất trình được hóa đơn, chứng từ để có căn cứ xác định tính hợp pháp của hàng hóa nhập khẩu thì cơ quan kiểm tra hàng hóa tiến hành tạm giữ hàng hóa theo đúng quy định của pháp luật để xác minh tính hợp pháp của hàng hóa; Trường hợp cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu xuất trình đầy đủ hồ sơ chứng minh tính hợp pháp của hàng hóa nhưng cơ quan kiểm tra có căn cứ xác định nguồn gốc của hàng hóa nhập khẩu không hợp pháp thì cơ quan kiểm tra thực hiện việc tạm giữ hàng hóa, đối chiếu hồ sơ, xác minh làm rõ nguồn gốc hàng hóa đó để xử lý theo quy định của pháp luật và chịu trách nhiệm trước pháp luật nếu gây thiệt hại cho cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu.

Thông tư liên tịch số 64 cũng đã quy định chi tiết về hóa đơn, chứng từ đối với hàng hóa nhập khẩu vận chuyển từ cửa khẩu nhập khẩu vào nội địa cũng như hàng hóa nhập khẩu lưu thông trong thị trường nội địa; Hướng dẫn về xử lý vi phạm hành chính; Thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính; Trách nhiệm của cơ quan kiểm tra, xử lý vi phạm; Trách nhiệm, quyền của cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng hóa nhập khẩu; Nghĩa vụ phối hợp của các cơ quan, tổ chức, cá nhân, v.v ...

Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2015 và thay thế Thông tư liên tịch số 60/2011/TTLT-BTC-BCT-BCA ngày 12 tháng 5 năm 2011 của Bộ Tài chính, Bộ Công Thương và Bộ Công an hướng dẫn chế độ hóa đơn, chứng từ đối với hàng hóa nhập khẩu lưu thông trên thị trường.